Nagyon sok műszaki problémával csak akkor szembesültek, amikor elkezdődött az épület alapozásának feltárása, illetve megerősítése, vagyis a felújítás úgy nevezett nulladik üteme. Ez június végére fejeződött be. Ki kellett bővíteni a terveket olyan plusz feladatokkal is, amelyek az épület speciális funkciójából, illetve annak bővüléséből – további kiállítóterek, emeleti képtár galériák kialakítása – adódnak.

A képviselő-testület rendkívüli ülésen döntött róla, hogy a felmerült újabb feladatok miatt bruttó 69 millió forinttal kiegészíti az eredetileg a felújításra szánt bruttó 126,5 millió forintot. A közbeszerzési eljárás során két kivitelező, egy battai és egy érdi cég jelentkezett a munkákra, közülük a százhalombattai Panel 2001 Kft tette a kedvezőbb ajánlatot. A szerződéskötésre augusztus második hetében kerül sor, ezután folytatódhat a munka, azaz a felújítás első üteme.
A második ütem megvalósítására, ami a belső terek végleges kialakítását, az állandó kiállítás megépítését és a kihelyezett egyetemi tanszék létrehozását jelenti, nemzetközi fejlesztési pályázaton vesz részt a „Matrica” Múzeum. Ezzel együtt fejeződik be teljes egészében városunk legrégebbi, műemlék jellegű épületének korhű rekonstrukciója.